Tiến sĩ, Bác sĩ Phạm Hùng Vân tốt nghiệp Đại học Y Dược TP. HCM năm 1978 và trở thành giảng viên của nhà trường cho đến 2013. Trong suốt 35 năm giảng dạy về vi sinh y khoa tại nhà trường, đã có bao nhiêu lớp sinh viên y khoa cũng như hậu đại học được ông truyền đạt các kiến thức cơ bản cũng như chuyên sâu và hiện đại của ngành vi sinh áp dụng trong y học. Ông là người tiên phong trong việc gắn kết giữa đào tạo và nghiên cứu khoa học nhất là trong lãnh vực ông đảm trách, vì với ông: “Knowing is not enough, we must apply; willing is not enough, we must do”. Nhiều công trình nghiên cứu mới mẽ cũng được ông triển khai tại Trường Đại học Y Dược cũng như hỗ trợ nhiều trung tâm nghiên cứu khác trong nước. Ông đã từng tu nghiệp tại Hà Lan, Hoa Kỳ, Hàn Quốc và cũng cùng với các nhà nghiên cứu của các tổ chức nước sở tại hợp tác các nghiên cứu về Sinh Học Phân Tử, Miễn Dịch Học lâm sàng và đề kháng các thuốc kháng sinh.

Ông cũng là nhà tiên phong trong việc tạo ra các giải pháp khắc phục các khó khăn của điều kiện thực tế để khôi phục và thành lập được các xét nghiệm vi sinh tại nhiều bệnh viện trong nước. 

Năm 1995, Bác sĩ Phạm Hùng Vân nhận học vị Tiến sĩ chuyên ngành dịch tễ học tại Đại Học Y Dược TP. Hồ Chí Minh. 

Năm 1996, ông hình thành và phát triển phòng thí nghiệm sinh học phân tử cho Trường Đại học Y Dược trở thành một phòng thí nghiệm y sinh học hữu dụng nhất trong chẩn đoán và nghiên cứu của nhà trường. Năm 1999, nhằm mục đích phổ biến rộng rãi hơn các ứng dụng cũng như các sản phẩm mà ông nghiên cứu được ra nhiều bệnh viện cũng như trung tâm chẩn đoán, ông và một số đồng nghiệp sáng lập viên của công ty NK-BIOTEK và hiện nay đã trở thành một công ty cũng như trung tâm nghiên cứu ứng dụng y sinh được biết đến và tin cậy nhiều nhất.

Ông cũng tham gia nhiều tổ chức nghiên cứu trong và ngoài nước. Cụ thể: Năm 1999, là Thành Viên Chính của ANSORP (Asian Network for Surveillance of Resistant pathogens) và APFID (Asian Pacific Foundation for Infectiuos Diseases). Năm 2008, ông trở thành thành viên của hội đồng tư vấn của Châu Á Thái Bình Dương về vaccine cộng hợp phế cầu và protein D của H. Influenzae trong công việc nghiên cứu đánh bật tác nhân phế cầu gây nhiễm trùng. Năm 2009 ông là Chủ tịch Hội Sinh Học Phân Tử  Y Khoa Việt Nam thuộc Hội Hóa Sinh Y Học Việt Nam, và năm 2013 ông là Chủ tịch Hội Vi Sinh Lâm Sàng TP. Hồ Chí Minh.

Nhiều giải thưởng trong nước và nước ngoài đã dành cho ông, trong đó có cả giải thưởng thành tựu trọn đời do Hội San Francisco-HCMC trao tặng nhằm vinh danh người có công dành đời mình cho khoa học.
Năm 2017 TS.BS. Phạm Hùng Vân được Trường các nhà cái uy tín đổi thưởng uy tín nhất hiện nay mời vào vị trí Hiệu trưởng Trường các nhà cái uy tín đổi thưởng uy tín nhất hiện nay Quảng Nam - ngay quê hương Ông.