Thưa quí độc giả,
và tác nhân SARS-CoV 2, đang trở thành nỗi ám ảnh của toàn cầu, khi số ca mắc, số ca tử vong, số quốc gia và vùng lãnh thổ có bệnh nhân nhiễm ngày càng gia tăng từng giờ, từng ngày. Để quí độc giả có cái nhìn toàn diện, chính xác, cập nhật những thông tin mới nhất về virus này, Trang Chuyên đề tháng này, sẽ dành để nói về COVID-19 và tác nhân SARS-CoV 2, với góc nhìn của các chuyên gia, các BS ở từng lĩnh vực liên quan.
Trước đây đã có ghi nhận Coronavirus gây bệnh cho người không?
Coronavirus là một loại virus chủ yếu gây bệnh cho động vật hoang dã, kể cả động vật nuôi như heo. Tuy nhiên từ năm 1962, người ta phát hiện được các dòng coronavirus gây cảm lạnh thông thường (common cold) trên người và coronavirus này vẫn thỉnh thoảng được phát hiện từ các bệnh nhân. Đến năm 2003 thì lại xuất hiện một dòng coronavirus gây bệnh viêm phổi cấp nặng trên người mà chúng ta gọi là SARS (Severe Acute Respiratory Sydrome) và ở người già trên 65 tuổi thì tỷ lệ tử vong lên đến 50%. Tác nhân gây bệnh SARS đã được xác định là một dòng coronavirus (ngày nay được đặt tên là SARS-CoV) có nguồn gốc từ cầy hương và dịch khởi phát từ Quảng Đông, Trung Quốc. Rất may mắn và cũng nhờ nỗ lực của ngành y tế trên thế giới mà bệnh này bị chặn lại và biến mất vào tháng 7 năm 2003 sau khi đã gây bệnh cho 8422 với 916 chết (tử vong 11%). Rồi vào tháng 9 năm 2012, một loại nhiễm trùng hô hấp nặng nữa được phát hiện chủ yếu tại Trung Đông và tác nhân này cũng được xác nhận là coronavirus (ngày nay được đặt tên là MERS-CoV) có nguồn gốc từ lạc đà và có lẽ do một loài dơi hút máu truyền sang. Tính đến tháng 12/2019, toàn thế giới đã có 2468 trường hợp viêm phổi Trung Đông với 851 tử vong (tỷ lệ khá cao 34.5%). Bệnh này chưa biết đã biến mất chưa nên y học vẫn còn rất cảnh giác.
Từ tháng 12 năm 2019, tại thành phố Vũ Hán ở Trung Quốc (TQ) lại bùng phát một dịch viêm phổi cấp mà không lâu sau đó các nhà khoa học đã xác định được nguyên nhân cũng là một dòng coronavirus mới mà ngày nay được đặt tên là SARS-CoV 2 (lý do cho sự đặt tên này là vì bộ máy di truyền của virus rất giống virus gây bệnh SARS) có nguồn gốc từ dơi. Dịch bệnh này ngày hôm nay được đặt tên là COVID-19 (Coronavirus disease 2019). Cho đến ngày 27/2/2020, theo dữ liệu công bố của Tổ Chức Y Tế Thế Giới (WHO) thì COVID-19 đã lan ra khắp TQ với tổng số người mắc đã xác định được là 78.630 (tử vong là 2747). Không chỉ vậy bệnh cũng lan ra 46 quốc gia với 3664 người mắc bệnh với 57 trường hợp tử vong, đặc biệt có 4 quốc gia bị ghi nhận là bùng phát dịch mà nặng nhất là Hàn Quốc với 1766 mắc bệnh (13 chết), Nhật Bản với 186 mắc (3 chết), Italy với 400 mắc (12 chết), Iran với 141 mắc (22 chết). Riêng tại Việt Nam thì cho đến nay đã xác định được 16 người mắc và không có trường hợp tử vong. Xét về tỷ lệ tử vong thì nhìn chung ở Trung Quốc là 3.6%, ở ngoài Trung Quốc là 1.6% mà chủ yếu là ở Iran (15.6%) còn ở các quốc gia khác thì tỷ lệ tử vong rất thấp. Tại Trung Quốc theo các phân tích thống kê thì tử vong chủ yếu là trong nhóm tuổi già và có bệnh nền như đái tháo đường, tim mạch, hô hấp và tử vong không phải trực tiếp do virus mà do bệnh nền trở nên tiến triển trầm trọng hơn.
Cơ chế lây lan của bệnh COVID-19 và cách phòng tránh
Vì sao SARS-CoV 2 từ dơi lây sang người là vẫn còn bí ẩn mà các nhà khoa học cho đến nay vẫn chưa tìm được chứng cớ khoa học. Có thể do một ai đó ăn phải dơi bị nhiễm, bị lây virus rồi phát bệnh. Cũng có thể lây qua một vật chủ trung gian nào đó. Sau khi mắc bệnh, virus sẽ lây từ người sang người qua các giọt bắn từ người bệnh ho hay hắt hơi bắn ra ngoài rồi trực tiếp vào người khác qua đường mũi hay miệng. Lý do tại sao SARS-CoV 2 chỉ hiện diện trong các giọt bắn lớn hay vừa khi người bệnh ho hay hắt hơi, đó là vì cũng như coronavirus gây SARS hay các coronavirus khác, SARS-CoV 2 có kích thước khá lớn (165nm) nên chỉ có thể nằm trên các giọt bắn to và vừa chứ không thể trong các giọt bắn nhỏ để bay xa trong không khí như virus cúm (kích thước 65nm). Chính vì vậy chúng ta có thể ngừa được cách lây nhiễm này bằng một khẩu trang che mũi và miệng là đủ. Khẩu trang nào cũng được, y tế cũng được, N95 hay 3M cũng được, khẩu trang vải nhiều lớp cũng được, thậm chí khẩu trang giấy nhiều lớp tự làm cũng được. Cái chính là ngăn giọt bắn của người đối diện hay đi trước ho, hắt hơi, khạc nhổ bám vào. Ngoài ra, đeo khẩu trang còn có một ý nghĩa quan trọng hơn, đó là tránh cho chúng ta nếu chẳng may mắc bệnh rồi ho, hắt hơi làm văng giọt bắn vào người khác. Hiện nay chúng ta đeo khẩu trang với thói quen là chống bụi chứ không phải chống dịch. Nếu đeo khẩu trang chống dịch thì khẩu trang đó không được dùng lại, và trong khi đeo cũng như khi tháo khẩu trang chúng ta không được cho tay mình chạm mặt trước của khẩu trang. Nếu thực hiện đúng như vậy thì mỗi ngày chúng ta phải dùng ít nhất 3 khẩu trang, và với sự khan hiếm khẩu trang như hiện nay thì làm sao chúng ta có đủ khẩu trang để dùng? Chính vì vậy, chúng tôi cho là nếu thật sự có dịch đang xảy ra trong cộng đồng thì chúng ta nên hạn chế ra ngoài hay đến nơi công cộng. Nếu phải ra ngoài thì phải dùng khẩu trang cho đúng. Ngoài khẩu trang thì một giải pháp rất quan trọng ngừa lây lan đó là phải rửa tay thường xuyên vì tay là một nguồn lây quan trọng nhất làm lây lan dịch bệnh. Tay bị nhiễm do ho hay hắt hơi bụm miệng sẽ lây vào các vật liệu mà người bệnh cầm nắm như nắm cửa, như tay cầu thang, như nút bấm thang máy, bắt tay thân thiết, ly chén đũa dùng hàng ngày trong nhà, bệnh viện hay nhà hàng,khách sạn… và từ đó lại lây cho người khác vì họ sẽ chạm tay vào các nơi này… rồi vô tình đưa lên miệng qua bụm miệng, qua ăn uống… Chính vì vậy mà biện pháp rửa tay thường xuyên sau khi đi ra bên ngoài đến các nơi công cộng, bệnh viện, khách sạn, quán ăn… là rất cần thiết để tránh lây nhiễm mà chúng ta phải để ý và thực hiện triệt để khi có dịch xảy ra. Coronavirus rất dễ bị giết chết bởi cồn 70%, cồn pha thêm isopropanol, hay thêm chlorhexidine đều giết được coronavirus. Kể cả rửa tay bằng xà phòng và nước sạch là cũng đủ để ngăn chận đường lây này.
Cơ chế gây viêm phổi của COVID-19 và dấu chứng lâm sàng để nhận diện
Tác nhân gây COVID-19 xâm nhập vào tế bào niêm mạc đường hô hấp nhờ các cấu trúc gai của chúng bám lên các thụ thể ACE2 trên bề mặt của tế bào niêm mạc đường hô hấp dưới rồi xâm nhập vào tế bào, phóng thích RNA của chúng để tổng hợp các thành phần của virus rồi thành các virus hoàn chỉnh. Chính vì vậy virus đã làm tổn thương các tế bào niêm mạc hô hấp để gây ra bệnh lý trong đó chủ yếu là viêm phổi. Chưa có ghi nhận cơ chế gây bệnh kiểu SARS tức là có sự tàn phá nhu mô phổi do cơn bão các cytokine từ sự đáp ứng miễn dịch thái quá của cơ thể. Tuy nhiên cũng có những trường hợp nặng có thể dẫn đến tử vong, đặc biệt trên các bệnh nhân lớn tuổi có bệnh nền về hô hấp, tim mạch, hay biến dưỡng. Đa số các trường hợp khỏi bệnh sau 7 đến 14 ngày điều trị tại bệnh viện. Khỏi bệnh tức là bệnh nhân đã có kháng thể và không còn sự hiện diện của virus trong đường hô hấp nữa qua kết quả xét nghiệm real-time PCR thực hiện 2 ngày liên tiếp.
Dấu chứng lâm sàng thông thường nhất của viêm phổi do COVID-19 gây ra là ho (thường là ho rất nhiều), sốt, đau nhức, có thể có tiêu chảy, những trường hợp nặng hơn có thể là khó thở và đau ngực. Tuy nhiên các dấu chứng này cũng có thể xuất hiện trên các bệnh viêm phổi gây ra do các tác nhân virus khác hay thậm chí các tác nhân vi khuẩn. Chính vì vậy nếu chỉ dựa vào các triệu chứng lâm sàng để xác định một người bị viêm phổi do COVID-19 là không được. Viêm phổi chỉ có thể xác định là do COVID-19 một khi kết quả xét nghiệm các mẫu quệt họng, hay quệt mũi sau, hay đàm hay máu trong giai đoạn cấp tìm thấy được SAR-CoV 2 bằng xét nghiệm real-time PCR tiêu chuẩn.
Nguyên tắc điều trị viêm phổi COVID-19
Thật ra thì hiện nay chưa có một thuốc điều trị kháng virus đặc hiệu nào dành cho COVID-19. Cũng đang có nghiên cứu thử nghiệm lâm sàng dùng Remdesivir, một đồng dạng của nucleotide với cơ chế làm cho virus không thể tổng hợp được RNA của chúng. Chloroquine cũng được chú ý do cơ chế ngăn virus dịch mã RNA để tổng hợp các protein của chúng. Tuy nhiên tất cả chỉ còn trong vòng nghiên cứu và cho đến hiện nay chưa có thuốc nào được FDA chấp thuận.
Như vậy thì điều trị viêm phổi COVID-19 chỉ dựa trên nguyên tắc: (1) Điều trị hỗ trợ cho bệnh nhân như thở oxy nếu khó thở, bù đắp điện giải nếu có rối loạn, bổ sung dinh dưỡng nếu cần thiết… (2) Theo dõi phát hiện bội nhiễm vi khuẩn để điều trị kháng sinh kịp thời. Trong đa số các trường hợp thì chỉ cần hai giải pháp trên là đủ.
Chẩn đoán phát hiện viêm phổi COVID-19
Thật sự ra cho đến ngày hôm nay nhiều người vẫn còn mù mờ về kỹ thuật real-time PCR phát hiện tác nhân gây COVID-19. Tại sao phải dùng kỹ thuật này? Tại sao hiện nay chỉ có vài phòng thí nghiệm là được phép trả lời kết quả [+]? Để trả lời các câu hỏi này tôi xin được phép nói rõ một cách dễ hiểu các vấn đề sau:
Trước đây, để khám phá được tác nhân gây SARS thì phòng thí nghiệm phải lấy được mô phổi của bệnh nhân bị chết vì SARS rồi cố cấy thử trên nhiều dòng tế bào để cuối cùng chọn được tế bào VERO E-6 là tế bào nhạy cảm được virus. Nhờ nuôi cấy được tác nhân, xác định được đây đúng là tác nhân gây bệnh thật sự, kiểm chứng bằng phản ứng đặc hiệu với kháng thể có trong huyết thanh bệnh nhân qua kỹ thuật miễn dịch huỳnh quang. Rồi qua kính hiển vi điện tử đã xác định được hình ảnh của coronavirus. Từ nuôi cấy thành công, các nhà khoa học mới công bố được bộ gen hoàn chỉnh của coronavirus gây SARS mà nay được đặt tên là dòng SAR-CoV.
Ngày nay, nhờ tiến bộ về kỹ thuật mà các nhà khoa học có thể xác định được tác nhân gây dịch viêm phổi Vũ Hán từ rất sớm mà không cần phải qua nuôi cấy được tác nhân. Đó là kỹ thuật metagenomic thực hiện trên phương tiện là máy giải trình tự thế hệ mới. Metagenomic là kỹ thuật giải trình tự tất cả các mảnh DNA hay RNA có trong mẫu thử rồi so chuỗi trên ngân hàng dữ liệu gen. Nhờ đó xác định được tác nhân nào hiện diện trùng lắp trong tất cả các mẫu thử, thậm chí tái hiện lại toàn thể bộ gen hoàn chỉnh của tác nhân này. Chính nhờ vậy mà chỉ sau khi có những ca đầu tiên được báo cáo thì các nhà khoa học đã công bố trình tự bộ gen hoàn chỉnh của dòng coronavirus này (17/02/2020) mà không cần phải nuôi cấy được virus. Cũng nhờ metagenomic mà cho đến hiện nay đã có hơn vài chục bộ gene của dòng coronavirus này được công bố trên ngân hàng dữ liệu gen thế giới (NCBI gene bank), và tên chính thức của dòng coronavirus này được đặt tên là SARS-CoV 2.
Khi phân tích bộ gen của SARS-CoV 2, các nhà khoa học nhận thấy có một điểm rất đặc biệt, rất thuận lợi cho triển khai xét nghiệm phát hiện tác nhân này. Đó là bộ gen của SARS-CoV 2 rất là bền vững, không hề có sự khác biệt giữa các mẫu lấy từ các bệnh nhân khác nhau hay các vùng địa lý khác nhau, kể cả các quốc gia khác nhau. Có nghĩa là SARS-CoV 2 không có các type hay subtype. Chính vì vậy nếu một trung tâm uy tín đã nghiên cứu thiết kế được các mồi và đoạn dò dành cho kỹ thuật real-time PCR phát hiện SARS-CoV 2 thì các mồi và các đoạn dò này hoàn toàn có thể áp dụng cho các phòng thí nghiệm khác trên toàn thề giới. Chính vì vậy mà WHO và CDC đã công bố công khai các trình tự mồi và đoạn dò này trên website của họ. Các phòng thí nghiệm có thể gửi các trình tự này bằng e-mail đến các công ty sản xuất mồi và đoạn dò và sẽ có chúng trong tay trong vòng không quá 10 ngày với giá thành không quá 500usd cho hàng ngàn test thử nghiệm.
Với kỹ thuật vi sinh kinh điển, tiêu chuẩn vàng để xác định một vi sinh nào đó chính là tác nhân gây bệnh là phải nuôi cấy được và định danh được tác nhân này trong bệnh phẩm. Tuy nhiên đối với những tác nhân không thể nuôi cấy thường qui thì các phòng thí nghiệm phải bó tay hay bắt buộc phải gửi lên các phòng thí nghiệm nghiên cứu lớn, có phương tiện nuôi cấy.
Hiện nay nhờ có một kỹ thuật đặc biệt là kỹ thuật real-time PCR thì tiêu chuẩn vàng này hoàn toàn có thể thực hiện được, nhưng thay vì nuôi cấy tác nhân vi sinh gây bệnh thì người ta nuôi cấy những đoạn DNA hay RNA đặc hiệu của tác nhân đó có trong bệnh phẩm. Nếu trong nuôi cấy thông thường, người ta dùng các môi trường dinh dưỡng hay tế bào (nếu là virus) để nuôi cấy từ một vài tác nhân có trong bệnh phẩm thành quần thể rồi sau đó định danh; thì trong real-time PCR người ta dùng các đoạn mồi để khuếch đại các đoạn nucleic acid đặc hiệu của tác nhân gây bệnh có trong mẫu thử từ một vài đoạn thành hàng triệu hay tỷ đoạn giống hệt nhau và phát hiện chúng bằng các đoạn dò đặc hiệu. Chính nhờ vậy mà không cần phải nuôi cấy đòi hỏi nhiều phương tiện, có khi phải thực hiện trong phòng thí nghiệm an toàn sinh học cấp 3. Với real-time PCR, chỉ cần có phương tiện real-time PCR, có an toàn sinh học cấp 2 và có đủ các phương tiện và vật tư như khuyến cáo của CDC hay WHO là có thể thực hiện được xét nghiệm này.
Thực hiện xét nghiệm real-time PCR phát hiện SARS-CoV 2 phải có hai giai đoạn và cả hai phải được kiểm soát chất lượng. Giai đoạn đầu tiên là mẫu phải được tách chiết RNA với hiệu suất cao rồi sau đó là giai đoạn đưa RNA được tách chiết này vào khuếch đại đặc hiệu và phát hiện nhờ các mồi và đoạn dò đặc hiệu. Cả hai giai đoạn này phải được kiểm soát chất lượng.
Đối với giai đoạn tách chiết RNA thì có hai kiểm soát chất lượng phải có, đó là đảm bảo tách chiết được RNA của coronavirus nguyên vẹn có trong mẫu thử và đồng thời tách chiết được RNA của tế bào biểu mô vật chủ. Đối với các bộ thuốc thử do CDC hay WHO cung cấp là đã qua các nghiên cứu trên các dòng coronavirus khác rồi thì không cần phải có kiểm soát chất lượng này, nhưng kiểm soát chất lượng về tách chiết được RNA tế bào biểu mô vật chủ là phải có để chứng minh được bệnh phẩm có tế bào biểu mô vật chủ, tránh cho kết quả [-] giả. Tuy nhiên đối với các bộ thuốc thử trong nước thì phải có đủ hai kiểm soát chất lượng này mới đảm bảo không có những kết quả [-] giả vì kỹ thuật tách chiết RNA kém hay vì mẫu không có đủ tế bào biểu mô.
Đối với giai đoạn khuếch đại thì phải có kiểm soát chất lượng về độ nhạy của khâu khuếch đại, tức là phải có các chứng [+] là các trình tự nucleic acid đích được cung cấp đi kèm để xác định được giới hạn phát hiện thấp nhất mà khâu khuếch đại có thể phát hiện được.
Thật sự ra với các đoạn mồi và đoạn dò do CDC và WHO công bố thì một phòng xét nghiệm có đủ phương tiện real-time PCR là có thể thực hiện được xét nghiệm này một các dễ dàng. Tuy nhiên do kết quả trả lời là có thể gây rối loạn nếu [+] giả hay làm lây lan dịch do [-] giả nên việc nhà nước kiểm soát xét nghiệm này là hoàn toàn hợp lý.
Tuy nhiên do tình hình lo lắng về dịch bệnh nên nhu cầu về xét nghiệm này là khá nhiều, vượt khỏi công suất của các phòng xét nghiệm được cho phép. Theo tôi được biết hiện nay, quản lý nhà nước cũng đã nghiên cứu để cho phép một số phòng xét nghiệm có phương tiện real-time PCR thực hiện xét nghiệm này sau khi đến thẩm tra lại năng lực xem có đáp ứng hay không. Đây là một tin mừng nhưng theo tôi cũng đáng lo, nếu chúng ta sử dụng bộ kit không đủ các kiểm soát chất lượng mà tôi đã nêu trên thì nguy cơ [-] giả sẽ có, đặc biệt là khả năng tách chiết và phát hiện được coronavirus có trong mẫu thử.
Hiện nay, nhu cầu xét nghiệm COVID-19 là khá nhiều. Tuy nhiên để giúp các phòng thí nghiệm do nhà nước chỉ định làm xét nghiệm COVID-19 không bị quá tải thì các bác sĩ chỉ nên cho chỉ định xét nghiệm COVID-19 đối với các bệnh nhân có triệu chứng viêm phổi và có yếu tố dịch tễ như đã từng du lịch hay đến địa phương bị dịch, hay tiếp xúc bệnh nhân bị bệnh, hay đi máy bay ngồi trong khoảng 2 ghế xung quanh người bệnh. Ngoài ra chỉ định xét nghiệm cũng có thể cho trên các bệnh nhân viêm phổi nhưng không thể loại trừ yếu tố dịch tễ. Tuy nhiên theo qui định hiện nay thì phòng khám cũng không thể cho chỉ định xét nghiệm mà phải chuyển bệnh nhân nghi ngờ đến các trung tâm khám bệnh chuyên biệt cho COVID-19 do nhà nước chỉ định chứ không được lấy trực tiếp bệnh phẩm để gửi đi xét nghiệm.
Diễn tiến hiện nay của COVID-19
Nếu nhìn biểu đồ diễn tiến bệnh COVID-19 tại Trung Quốc thì chúng ta thấy bệnh đang lui dần với số ca bệnh mới mắc ngày càng giảm. Tuy nhiên mối lo ngại hiện nay đó là có 4 quốc gia đang bùng phát bệnh, đó là Hàn Quốc tính đến 27/02 có tổng số người mắc lên đến 1766; Nhật Bản 186, Italy 400, và Iran 141. Câu hỏi được đặt ra là liệu COVID-19 có trở thành đại dịch toàn cầu hay không?
Với quan điểm của nhà vi sinh lâm sàng, sau khi phân tích về tính chất virus học cũng như phân tích về cơ chế lan truyền cũng như cơ chế sinh bệnh COVID-19, tôi xin đưa ra một số ý kiến sau:
TS. BS Phạm Hùng Vân
Chủ tịch Hội Vi sinh Lâm sàng TPHCM
Theo Tạp chí Sức Khỏe